La historia de Naval comienza el 21 de mayo de 1944 con el nombre de Asociación Naval de fútbol y un año más tarde, además, se crea la sección infantil del club. En 1951 se jugaba el primer campeonato Panamericano de la historia, con Chile presentando a 4 “navalinos” en la selección, lo que hablaba del nivel del equipo chorero.

Posteriormente, en 1952 llegó un hito histórico, Chile viajó a los Juegos Olimpicos de Helsinki, y la representación corrió por parte del entonces amateur equipo “chorero”. En el primer juego el conjunto cayó por 5 a 4 ante Egipto y quedó eliminado. Otros grandes hitos del cuadro del puerto fueron el partido jugado ante el Santos de Pelé y una nueva representación por la selección chilena en Perú.

Naval ingresó al profesionalismo en 1968, debutando en la segunda división del país. En su primer partido profesional venció como visita a Coquimbo y posteriormente a Puente Alto en el primer partido de El Morro en el profesionalismo. Tras ser campeón del ascenso en 1971, Naval logró el ansiado ascenso y comenzó a jugar en Primera División, debutando con un triunfo ante Green Cross en El Morro.

Luego de finalizar varias temporadas en la medianía de la tabla, el cuadro “del ancla” llegó a su esplendor en los años 81’ y 82’, en los cuales logró llegar a la liguilla de Copa Libertadores, terminando en el quinto puesto del campeonato nacional. En ambas fue tercero y no logró el ansiado cupo internacional.

A fines de enero de 1991, el Alto Mando de la Segunda Zona Naval decidió terminar con el equipo, con el fin de reducir gastos. Era el fin de 46 años de gran historia. El club tomó el nombre de Club de Deportes Los Náuticos e inició su actividad en tercera división.  A partir de 1994 el club pasa a denominarse Club de Deportes Talcahuano para lograr una mayor identidad con ciudad puerto. En 1999 el club retornó al profesionalismo, tras consagrarse campeón de la Tercera División. En el 2004, el club cambió de nombre una vez más, a Naval de Talcahuano, reviviendo el nombre del extinto club.

El goleador histórico del club es Ricardo Flores y uno de sus máximos estandartes, es Oscar “jurel” Herrera. Otros históricos son Jorge Aravena y Juan Carreño, entre otros.

El conjunto del puerto actualmente juega en la Primera B de Chile y sus tradicionales rivales son Huachipato, Deportes Concepción, Fenández Vial y Lota Schwager.

Plantel 2012